Pondok pesantren (Ponpes) Al-Zaytun kembali menjadi perbincangan publik. Hal tersebut tidak lepas dari pernyataan-pernyataan dari Pengasuh Al Zaytun Panji Gumilang yang acapkali memunculkan kontroversi. Sebagian pihak menilai Panji Gumilang tidak tersentuh oleh hukum karena memiliki bekingan

Penelitian yang dilakukan oleh Majelis Ulama Indonesia (MUI) pada tahun 2002 terkait keberadaan dan ajaran Ponpes Al-Zaytun menemukan fakta sebagai berikut, pertama,  ajaran keagamaannya dinilai telah menyimpang. Kedua, Ponpes Al-Zaytun terindikasi terlibat atau terafiliasi dengan gerakan Negara Islam Indonesia (NII)